據美國《連線》雜志報道，研究此疾病的科學家4月28日表示，引起全球疾病大流行恐慌的致命 H1N1 型豬流感病毒只是二種普通豬流感病毒的雜交體，而不是先前報道的來自豬、人和禽類流感的雜交病毒。此發現可望解決此病毒的一些不確定的自然屬性，不過科學家對其來源和影響知之不多。

英國愛丁堡大學的病毒基因學家安德魯·納姆波特說："此病毒是現在流行的二種豬流感病毒的混合體。為何傳染到人體上還不得而知。"納姆波特是在分析美國疾病控制與預防中心從美國加州二名染病兒童中采集的病毒樣本進行基因排序后得出這一結論的。其他研究人員可以通過國際流感基因數據庫看到這一分析結果。

納姆波特的結論得到了美國賓夕法尼亞州大學病毒進化專家埃迪·霍爾姆斯和馬里蘭大學的生物信息家史蒂文·薩爾茲伯格的贊同，他們倆人都查看了美國疾病控制與預防中心提供的此病毒的基因序列。不過，美國疾病控制與預防中心對此結論沒有發表評論，但給科學家發了一份文件。此文件被《連線》雜志獲得，獲知此文件證實了科學家的分析。

科學家認為來自加州的豬流感病毒樣本和造成墨西哥以及全球豬流感的是同一種。不過，來自墨西哥的病毒樣本還沒有進行基因排序，其相似性還不能確信。

經分析，科學家發現加州豬流感病毒樣本基因來自北美和歐亞二種豬流感病毒。前者最早于20世紀30年代被描述過，后者于1979年被描述過。歐亞豬流感病毒通常在歐亞而不是北美發現有。這二種病毒沒聽說在人之間傳染。而且，來自歐亞豬流感病毒的基因從來沒有報道說在人體內被發現過。這就是此病毒快速傳播的原因之一。