2009年2月3日，俄總統梅德韋杰夫在與到訪莫斯科的吉總統巴基耶夫舉行會晤后宣布，俄方將向吉方提供總額20億美元的貸款以及額度為1.5億美元的無償援助。巴基耶夫則在隨后宣布，吉政府已決定關閉瑪納斯美軍基地。此消息一出，立即引發了美國的強烈抗議。

2009年6月23日，在經過了4個月的磋商以后，吉政府改口稱，同意美軍繼續使用該基地。俄羅斯方面則對吉政府的“出爾反爾”感到十分憤怒，俄吉關系急轉直下。吉騷亂發生以后，吉總理烏謝諾夫7日表示，吉反對派領導人之一薩里耶夫曾承認說，在決定實施街頭抗議之前他們已經取得了俄總理普京的支持。7日當天，普京在回答記者提問時嚴詞否認了烏謝諾夫的指責。就在同時，美國國務院發言人克勞利表示，美國政府與巴基耶夫有著緊密的合作關系，美國在吉軍事基地依然運轉正常。然而，此后不久，吉反對派領導人、前外長奧通巴耶娃就宣布，巴基耶夫目前已逃離首都比什凱克，吉反對派已成立臨時政府全面接管國家事務。