菅直人利用時機，首先協調執政黨和在野黨的利益關系，在抗震救災政策上尋求各黨統一的立場，從而打開更廣闊的合作空間。3月13日，菅直人邀請自民黨總裁谷垣禎一到首相官邸舉行會談，兩黨一致同意就災后重建和救濟災民制定特別措施法案。菅直人呼吁“為了保護國民的生命財產，為了救助國家，請大家攜手合作。”谷垣禎一則表示“我們會全力配合”。朝野雙方在會談中還商定，為迅速開展救援和重建工作，地震發生后72小時內各黨不向災區派遣調查團，各黨密切交換有關信息。

3月13日，自民黨國會對策委員長逢澤一郎會見民主黨國會對策委員長安住淳，同意延長稅制改革法案中3月末到期的減稅措施。逢澤并表示同意民主黨提出的地方交付稅改正法案、促進中小企業融資法案、關稅定率法案等。3月14日，民主黨和各在野黨的干事長、國會對策委員長舉行會談，討論各法案的具體通過事宜和今后國會的運營方針。民主黨借地震之機和自民黨良性互動，但民主黨提出的兒童補貼法案遭到自民黨代理政調會長林芳正的反對。

其次，菅直人利用地震造成的混亂，推遲原定于4月份舉行的統一地方選舉。自民黨的支持率在2月份比民主黨高6%，菅直人內閣的支持率下降到18%。因此，4月份的統一地方選舉民主黨會一敗涂地。地震后，片山善博總務相在3月13日提出要推遲統一地方選舉，“根據各地受災情況決定統一地方選舉的時間，受災地區至少需要幾個月的時間恢復。”

而且，地震發生后日本政府緊急成立了首相官邸對策室，菅直人緊急召集內閣所有成員到官邸開會研究對策，并發表講話呼吁日本國民保持冷靜。菅直人身先士卒，盡量表現自己的領導才能。震感尚未消失，菅直人就穿著應急人員穿的藍色連體工裝出現在電視臺，他讓日本人民“保持冷靜”，并向他們保證，政府正在采取一切措施將損失降到最小。他堅定地對政治家們說，我們需要“拯救國家”。地震造成福島第一核電站的兩個反應堆發生爆炸，發生核泄漏事故。菅直人親自坐鎮指揮，受到國民的好評。由于福島第一、第二核電站關閉，這次地震共11座核反應堆以及數十座傳統的火電站和水電站關閉，導致數百萬人失去電力供應。為了應對由于反應堆關閉預計會出現的嚴重電力短缺，菅直人任命行政改革擔當大臣蓮舫兼任節約用電大臣，呼吁工業用戶停止或減少運營，省出電能，保障家庭用戶的電力供應。菅直人還任命辻元清美為管理救災志愿者的首相輔佐官。