此次災難對日本造成的直接影響目前難以量化統計，但損失巨大。這次遭地震與海嘯襲擊的日本東北部沿海地區比東京地區要落后許多，“如果類似的災難發生在東京灣，后果將不堪設想。”專家普遍認為日本國內生產總值可能因地震而下降1％。日本汽車制造商的國內工廠幾乎全部停產。野村研究所的經濟學家曾預測日本經濟將在今年第二季度走出低迷狀態，而如今在第三或第四季度之前，日本經濟都不會擺脫低迷。鑒于公路和發電設施等基礎設施遭受重大破壞，這次災難對日本經濟造成的短期影響可能大于神戶地震的影響。

隨著救災工作的推進，國民對菅直人首相也開始流露不滿。如由于供電緊張，東京電力公司要在所轄一都8縣實施部分斷電，菅直人只表示“知道了”，把責任推到了民營的電力公司。東京的地鐵要部分關閉，日本政府沒有做好宣傳工作，也受到國民的詬病。菅直人在發布福島第一核電站爆炸消息時說：“讓人憂慮的狀況還在繼續，”但隨后說：“一會兒讓枝野幸男詳細報告給大家。”應該首相報告的事情都推給了枝野幸男，在向社民黨黨首福島瑞穗，解釋政府遲遲沒有公布福島第一核電站核輻射超標問題時，菅直人說“東京電力公司事發很久才提交報告。”把責任推給了東京電力公司。而且菅直人不接受記者提問，只是向國民傳遞信息，也讓國民感到不解。災后重建耗資巨大，而且日本政府的債務已經達到警戒水平相當于其經濟產量的225%，是全球負債率最高的國家之一。日本巨大的債務負擔讓人不免質疑該國是否有能力負擔巨大的重建工程。這些都是菅直人面臨的頭疼問題，解決不好菅直人內閣隨時都可能下臺。（中國社會科學院日本所何曉松）