對于日菲兩國舉行此次有關亞洲地區海洋安全的首次副司局長級磋商，分析人士認為，對于日本來說，其圖謀有三，一是進一步加強和菲律賓之間的合作和友誼，進而鞏固和強化和東盟之間的關系，擴大其在東南亞事務中的發言權；二是通過插手南海事務，牽制和對抗中國，增加其在釣魚島問題上對華談判的籌碼，并在國際社會營造對華輿論的壓制態勢；三是由于同樣在領土爭端問題上，日本對韓國和俄羅斯的強硬態度束手無策，最近更是受俄羅斯在公海海域頻繁和大尺度的軍事活動的影響壓力陡增，所以希望在東海和南海問題上能有所收獲，以減輕其國內政治壓力。而對于菲律賓而言，其時常周旋于中國、日本和美國等國家之間，利用各國之間存在的爭議和矛盾，努力把自己做為各方爭取的籌碼，創造自己被利用的價值，以謀求自身利益的最大化。在南海問題上，中方主張通過兩國之間的友好協商來解決爭端，反對南海問題國際化，而菲律賓則主張訴至國際海洋法法庭，將該問題復雜化和擴大化。此次日菲兩國間就南海問題展開政府間磋商，其目的就是為了使南海問題進一步復雜化。

分析人士普遍認為，南海問題和東海問題最重要的幕后推手是美國，今后這兩個問題會如何演化，都和美國的立場密不可分。美國能不能平靜地對待中國的和平崛起，能不能在國際事務中少些霸氣，多些和氣，都關乎著這些問題的最終解決。