在陳云深入探索具體問題的同時，鄧小平也全面展開調查研究。1961年上半年，毛澤東的注意力放在對一大二公的人民公社體制的糾偏和規范上，主持制訂了《農村人民公社條例修正草案》（又稱“農業六十條”），對人民公社原有的體制進行調整。鄧小平上半年也主要是遵照毛澤東的指示，調研人民公社體制問題，他4、5月到北京郊區順義縣進行農村調查，調研結束后，在和彭真聯名致毛澤東的信中講了社隊規模、糧食征購和余糧分配、供給制、食堂、家庭副業等問題。

在1961年上半年，對于鄧小平領導的中央書記處來說，還有一個重要的變化，就是毛澤東開始點名批評書記處的工作。基于對毛澤東批評的回應和對調查研究問題重要性的認識，在由毛澤東主導的農村問題告一段落后，從1961年下半年開始，鄧小平領導書記處認真搞調研工作，在工業、文教等領域制訂一系列調整的具體規定。當時工業企業秩序混亂，產量大幅下降，指標難以完成，鄧小平提出在工業方面也搞一個類似農業方面的條例來。6月17日，他主持書記處決定起草工業條例。同時在7月14日至25日，親自赴東北調研保鞍鋼冶煉設備開工三分之二的措施問題。從8月9日至15日，他主持書記處會議多次討論修改條例草案，會議討論并通過《國營工業企業管理工作條例（草案）》（簡稱“工業70條”）。鄧小平在主持制訂“工業70條”的過程中，強調以下觀點：

（1）以鋼為代表的重工業，產量從1800萬噸減到1000萬噸是個限度。農輕重中“農、輕”是上，“重”是下，但要保證逐步地上，逐步地下。過去“重”一馬當先不對，現在不要又在另一方面過分突出，要正確處理農輕重的關系。

（2）企業要實行嚴格的定員定編，內部不能有多余的非生產人員。這些人員可以分流出去，或由國家包起來開支，賠在明處；或搞集體所有制，實行獨立核算，同企業進行等價交換。

（3）群眾運動破壞了企業科學的規章制度，群眾運動并不等同于黨的群眾路線。天天開大會、天天貼大字報、萬人上山大煉鋼鐵的錯誤做法是不合群眾路線的，是反動的。

（4）重視技術人員的作用，要大量培養和提拔年輕技術人員。

（5）企業生產指揮權一定要集中在廠長負責制上，企業黨組織不干預日常行政事務。等等。與此同時，鄧小平還指導制訂了《教育部直屬高等學校暫行工作條例（草案）》（簡稱“高教60條”），并在7月26日至8月5日主持中央書記處會議討論通過。

在制訂完上述兩個條例后，從10月至年底，鄧小平把很大的精力用在主持書記處討論制訂7年計劃上。這時為什么要搞7年計劃？鄧小平從國內外形勢作了解釋：在國際輿論上造成同赫魯曉夫作斗爭的聲勢；國內貫徹調整八字方針以來灰溜溜的，氣不壯，7年計劃就是要鼓氣、壯氣，給全黨全國人民一個信心；適應經濟發展的客觀要求，統籌各部門的打算，使工農業生產好安排一些。鄧小平還就制訂7年計劃的指導方針作了說明，即：真正按農輕重的順序，歸根到底以重工業為重點，目標是基本上解決吃穿問題及基本上解決日用品問題。接下來，鄧小平主持書記處逐個討論各部門提交的計劃大綱，最后確定了《中央轉發國家計委黨組關于7年——10年計劃的綜合匯報提綱》。