“新疆自古以來就是祖國不可分割的一部分。這個結論不是憑空想象的，而是前輩歷史學家對大量史料研究的結果。《新疆通史》就是要展示這個史實，做到以理服人，以史服人。大家都知道，早在漢代，新疆就歸入了祖國的大版圖中，中央集權開始在新疆行使主權。隨之而來的是，新疆成為通向歐洲、中亞等國的大通道，是絲綢之路的重要組成部分，對`外交流日益增加，成為世界各種文明的交匯點。這讓新疆的歷史乃至中國的歷史與世界歷史、中亞歷史有了密不可分的聯系，如何看待這種聯系，如何確立新疆在中國歷史上的地位，都成為我們今天寫《新疆通史》必須回答的問題。”

說到這里，吳敦夫強調說：“我們此次采用了通史體與專史體相結合的辦法。大的歷史沿革我們采用通史體的寫法，但對一些特殊情況，我們則采用了專史體的寫法。比如，我們面對新疆反分裂斗爭形勢，專門增加了一冊《當代新疆反分裂斗爭實錄》，就是想告訴大家，新疆自古以來就是祖國不可分割的一部分這個鐵證如山的史實。新疆的反分裂斗爭由來已久，歷史證明，任何人、任何組織想在這方面打什么主意都是不能得逞的。”

談起《新疆通史》的編寫，吳敦夫談得最多的還是這樣的話題：這項工程是自治區社科界最大的工程，勢必需要更多的專家學者，投入更多的精力，認真地完成這項任務。為此，他們早就確定了“以我為主，舉全國之力”的方針。“可以這樣說，《新疆通史》編委會成員和參與該項目主體工程、基礎工程、輔助工程的人員基本上涵蓋了目前全國研究新疆歷史或涉及新疆歷史研究的專家學者。我們就是希望通過搭建這樣一個平臺，為今后新疆地方史研究的深入開展培養一批各民族的專家學者。現在我們各卷的主編中，既有新疆的專家學者，也有內地的專家學者。一些少數民族專家學者也成為我們的專家學者庫里的人員，更有一批年輕的研究人員加入其中，施展自己的才華。再有就是想通過這項工程，出版一批較高水平的研究著作。編撰《新疆通史》當然應該在‘通’字上下功夫。但這項工程不僅僅是寫好14冊16卷的問題，除主體工程外，它還有基礎、輔助工程，這些項目大部分選題將對新疆歷史發展過程中的一些重大理論和學術問題進行深入探討，一定能取得一大批高水平的研究成果，進而促進主體工程的編撰工作。第三就是要培養和鍛煉出一支隊伍。目前，參與《新疆通史》各類項目的專家學者已有200多人，我們堅信，通過這種項目培養法，一定能培養和鍛煉出一支包括各個民族參加的、有較高水平的研究新疆地方史的專家學者隊伍。”

說到這里，吳敦夫著重說道，《新疆通史》的編寫不僅在新疆得到了廣泛重視，自治區黨委、政府領導多次聽取匯報，及時為他們排憂解難，對《新疆通史》的編撰工作提出針對性意見；中央有關部門對此也十分關心。中宣部、全國哲學社會規劃辦公室的多位領導專門聽取《新疆通史》編委會的工作匯報，并作出了重要指示。這都讓《新疆通史》編委會感到自己身上的擔子更沉重了，圓滿完成任務的信心也更強了。

吳敦夫最后強調：“以史鑒今，以史為實。《新疆通史》的編寫是個浩大的工程，從最初我們就考慮不能僅為寫史而寫史，確定了10年的編寫期。現在我們更是提出了‘時間服從質量’的明確要求，目的只有一個，就是寫一部經得起歷史考驗的史學精品，不辜負自治區黨委、政府和新疆各族人民對我們的希望以及史學界對我們的期望。”