1941年春，在毛澤東的關懷下，李井泉到延安中央黨校學習，理論修養得到很大提高。1942年秋，他被調到晉綏聯防軍司令部（司令員賀龍，徐向前為副司令員）擔任秘書長，成為“賀龍的筆桿子”，為聯防軍的軍政建設作出了應有的貢獻。

1943年春天，毛澤東任命徐向前擔任抗日軍政大學（抗大）總校校長。既然是軍政大學，校長無疑要懂軍事，政委當然要適宜做政治工作，他想到了李井泉。這時，抗大總校剛從敵后河北邢臺縣漿水鎮遷回陜西綏德縣西山寺。同時，黨中央又決定將設在晉察冀根據地的抗大第二分校、晉西北的第七分校、延安第三分校（即軍事學院）與總校合并，合并后新的學期統稱第八期。

徐向前、李井泉到達綏德，一面建校，一面接收學員。從1943年4月至6月，中心任務是整編機構，端正思想。為便于管理教育，他們將抗大編成三個教育基本單位，即抗大總校、第二分校和第七分校。

整編中，干部教員缺乏是一個大困難。物資可以通過生產解決，干部怎么辦？作為抗大總校政委，李井泉負責“黨管干部”事宜，他除了從學員中解決一部分，又請求軍委從延安編余人員中調來一部分。

整編就緒之后，從1943年8月至1944年11月，中心任務是整風審干和開展大生產運動。整風占用時間最長，經歷了曲折的進程。整風的領導機構為抗大總學習委員會，按黨中央指示，由徐向前、何長工、李井泉、徐文烈及各部部長、各大隊政委組成，徐向前為學委會書記。作為總校政委，李井泉協助徐向前做了大量工作。

1943年8月14日，總學委會頒發《關于學校整風學習的決定》，標志著抗大整風的開始。《決定》確定的總方針是“清算思想，清算歷史，檢查工作，審查干部，四種工作有機的密切的配合進行”。

前兩月為第一階段。內容是學習文件，思想整風，和風細雨。10月中旬，康生派整風審干工作組進駐抗大，抗大整風進入第二階段。其方法是康生“搶救失足者”的那一套，有“坦白運動”“勸說運動”“開大會”“作報告”“集體勸說”“個別談話”等等。結果，懷疑壓倒了信任，使一些人蒙受了冤屈。

12月下旬，中共中央、毛澤東開始下決心糾正整風中的偏差。抗大整風才開始擺脫那種左的做法，轉入運動的第三階段。學校總學委會召開整風工作總結會議，徐向前因在延安沒有出席，由李井泉、何長工主持。從這時開始，實際上停止了群眾性的審查運動，轉入專職干部和骨干、積極分子為主的甄別復查。在中共中央正確指導下，李井泉、徐向前十分關注整風、審干工作，經過甄別復查，那些“坦白分子”“嫌疑分子”基本得到平反。對于李井泉擔任抗大政委，有抗大第八期畢業生這樣評價：“李政委關心愛護干部，很好地掌握了毛主席的干部政策！”