經過多輪談判，1月21日，我黨終和傅作義達成《關于和平解放北平問題的協議》。1月31日，解放軍開進北平。文化古城幸免于戰火。1月22日下午6時30分，閻又文宣布北平和平協議及傅作義文告。

北平解放后，中央社會部指示閻又文繼續留在傅作義身邊。

《李克農》(1996年)中的《平津戰役》一章提及閻又文：“李克農領導的情報人員準確掌握傅作義的作戰部署、政治動向及思想情緒等，及時向中央和平津前線司令部報告，為和平解放北平作出了重要貢獻。”

西柏坡“國家安全教育館”這樣介紹閻又文的重要貢獻：“平津戰役期間，閻又文根據上級指示提供了大量關于華北‘剿總’的情報，使黨中央準確掌握了傅作義情況，為制定北平和平解放方針奠定了基礎。天津戰役后，他及時掌握并上報傅作義的思想動態，積極施加影響，為最終促成傅作義起義、北平和平解放作出了突出貢獻。”

就“繼續留在傅作義身邊工作”，有關部門的內部出版物《無名豐碑》作了較為清晰的解讀：“北平解放后，按照中央安排，不公開閻又文真實身份，繼續在傅作義身邊工作”、“新中國成立后，傅作義任水利部長，調閻又文任水利部局長。因革命工作需要，閻又文一直保持著雙重身份。解放前，他名為國民黨高級軍官，實為黨的情工人員；解放后，他名為國民黨起義將領，實為黨的統戰工作者。”

1961年，閻又文調農業部。

1962年9月25日，閻又文因患食道癌去世，年僅48歲，葬于八寶山革命公墓。閻又文臨終前囑咐妻子丁宴秋“有事情找組織”。周恩來敬贈挽聯“閻又文委員千古”、薄一波的挽聯是“閻又文同志千古”。《人民日報》發表簡短訃告。

農業部撰寫碑文：“閻又文同志曾任全國政協委員、農業部糧油生產局局長，中國共產黨黨員……過去曾為革命做過許多工作。”閻又文周圍墓碑碑文皆有參加革命時間，入黨時間，而獨他是空白。對碑文措辭及空白，當年閻又文子女尚都年少，按他們的說法是“不懂”。而今真相大白后，面對如此碑文，他們提出修正意愿。目的是為了還歷史以真相并對歷史持有細致的尊重。