張彬、朱光磊認為從“利益綜合”等具體問題入手可以深化中國政府過程研究。任劍濤則指出中國政府體制改革絕對不是一個單純的行政改革問題，而確確實實地是一個政治問題，或說是主義問題。就此而言，有必要翻轉原來從行政到政治的被動取向，轉向從政治到行政的主動改革取向。因為只有解決了制約改革成效的權力來源合法性問題，才能為一切權力運用困難的解決提供最為可靠的基本制度保障，從而為真正進入現代的中國改革提供當下最為急缺的理論支持。

中國的治理模式問題是2009年政治學研究的一個重點。總體而言，中國的治理模式正處于從政治動員為中心的運動型向依法治理模式的轉變之中。一般而言，政治動員為中心的運動治理模式在新的政治社會環境中顯現出其自身存在的不足，而為諸多學者所詬病。但唐賢興等則從決策議程對環境的回應、動員社會中的稀缺資源和實現政府間合作三個角度分析指出，運動式治理深刻地反映了政府在選擇政策工具上的困惑。在社會動員模式發生變化的現實情況下，政府在習慣上仍對運動式治理產生偏好，這實質上是政府的社會動員能力不足的表現。同時，運動式治理也確實存在著彌補政府動員能力不足的可能性。其實，運動式治理有著一定的必然性及合理性，完全否定它在治理過程中的價值是不理性的態度。

中國政府設置中的“條塊關系”是眾所周知的，但相關研究卻不多。2009年周振超所著《當代中國政府“條塊關系”研究》一書，填補了這一空缺。作者從中國政治發展和制度建設的全局出發，選取“條塊關系”為研究對象，以探尋“四位一體”條塊關系模式形成、發展、運作和轉型的內在政治邏輯為切入點，對中國政府間縱向關系的動態平衡問題，進行了較為深入、全面的研究，并在此基礎上提出了富有建設性的對策建議。

人民代表大會制度是中國根本政治制度。盡管在法律上，人大制度的地位、職權及作用已經得到比較清楚全面的闡述，但其法律地位在現實政治運作中并沒有完全、充分地體現出來。同時，其實際地位也遠非人云亦云的那樣形式化、橡皮圖章化。劉建軍、何俊志等人在《新中國根本政治制度研究》一書中指出，人大制度的完善根源于它與外在情境要素關系模式的變遷之中，根源于外在情境要素對它的要求與期望之中，根源于現代國家治理和現代社會發展的理性要求之中。從這一角度看，人大制度60年來的運作與發展，大致經歷了以合法性取向為中心，以效率取向為中心和以有序民主取向為中心的三個階段的建設歷程。