1951年2月，十四世達賴喇嘛和噶廈任命阿沛·阿旺晉美為西藏地方政府和談首席全權代表，和另外4位全權代表赴北京，同中央人民政府進行和平談判。阿沛·阿旺晉美出發前在給十四世達賴喇嘛的報告中提出“要明確承認西藏是中國領土，同意中國人民解放軍進藏，談判才能成功”。阿沛·阿旺晉美作為西藏地方政府和談首席全權代表，經過與中央人民政府全權代表友好交談、反復協商，達成了一致意見，于1951年5月23日簽訂了《中央人民政府和西藏地方政府關于和平解放西藏辦法的協議》，即著名的“十七條協議”，西藏實現和平解放。協議的簽訂符合西藏人民和全國各族人民的利益，是中華民族大團結的勝利，標志著西藏從此擺脫了帝國主義的侵略和羈絆，回到了祖國大家庭，西藏人民邁出了從黑暗和痛苦走向光明和幸福的第一步。阿沛·阿旺晉美在簽訂“十七條協議”中傾注了大量心血，發揮了不可替代的作用。毛澤東主席對此給予了高度評價，指出這是“辦了一件大好事，簽訂了一個好文件”。

阿沛·阿旺晉美帶著“十七條協議”正式文本返回西藏后，以貫徹執行“十七條協議”為己任，積極主動地通過各種方式在貴族官員和各階層人士中宣傳協議，發展壯大愛國力量，堅決抵制各種破壞執行協議的言行。在噶廈政府召開的300多名僧俗官員參加的大會上，阿沛·阿旺晉美向與會僧俗官員詳細報告了參加和平談判和簽訂協議的經過并出示“十七條協議”正本，理直氣壯地表示：“愿以全體和談代表的身家性命和財產擔保，簽訂協議完全是為了達賴喇嘛和全藏人民的復興，中央對協議有誠意”，有力駁斥了一些頑固分子的質疑、挑撥和誣陷。他還向中央起草電文，表示堅決要“鞏固國防，驅逐帝國主義勢力出西藏”。1951年8月，中國人民解放軍進藏先遣部隊穿過貧困荒涼的“窮八站”，來到嘉黎，因缺糧無法前進，阿沛·阿旺晉美立即派人到他的家鄉太昭，讓管家將存糧1萬多斤，日夜加工成面粉，用80多頭牦牛運到了先遣部隊所在地。部隊到太昭后，他又支援糧食1萬多斤，使部隊繼續向拉薩前進。在簽訂和執行協議的過程中，阿沛·阿旺晉美以國家利益、中華民族利益為重，始終站在黨和人民一邊，為西藏和平解放、國家統一、民族團結作出了巨大貢獻。