二是建立科學制度。制度是理論的載體，也是聯系理論與實踐的中介。在現實中，制度體現著特定的價值標準，約束特定的活動方式和行為模式。一般說來，科學制度具有系統性、完整性、銜接性、有效性、合理性的基本特性。其中，系統性是指制度內部各要素是一個有機的整體，而不是雜亂無章、支離破碎的堆砌物；完整性是指制度必備的各個要素是齊全的；銜接性就是指制度內部各要素之間不是相互沖突或相互重復的；有效性是指制度是符合實際的和管用的；合理性是指制度在價值取向上具有正當性。伊斯頓認為，制度、規范和程序是合法性的來源和基礎，具有合法性的傳遞功能，它們能夠把本身所具有的“規范性”合法性轉換為“實際的”合法性。進入新時期以來，我們黨在制度建設給予了高度的重視，并加大了制度創新力度和黨的制度化建設。從整體上說，已經取得了長足的進步。但是，也存在一些提出問題：一是制度體系尚未科學建立起來。因為制度建設是一個制度體系的整體建設，涵蓋了體制、機制和具體規定三個基本層面，具有一定的系統性和銜接性，而不是孤立的、單項規定。二是制度要素之間的銜接性不足。這突出地表現在黨內根本制度、基本制度、具體工作制度之間還不能做到有機連接、順暢運行，時常還會出現一些制度之間相互掣肘的情況，還需要從整體上協調黨內制度的各個要素的具體實施形式和運行規則，保證制定的各項法規制度行得通、做得到。三是黨的制度與國家制度之間的耦合度還不高，黨內制度與國家制度之間還缺乏有機的統一，黨的政策與國家法律法規時常還出現一些操作層面上的沖突和矛盾。四是制度倫理建設還沒有提到戰略高度，并在一定程度上影響了制度化建設的水平。因為建構制度的目的本身所蘊含的價值訴求以及對制度進行倫理評價的標準都涉及到價值問題，也就是存在制度內在的價值合理性問題。因此，提高黨的建設科學化水平，內在地要求我們在黨的制度化建設過程中，必須高度重視制度的價值，在制度設計過程中要按照依法執政的要求，把黨的領導、人民當家作主與依法治國統一起來，在堅持民主集中制的基礎上，建立健全黨的領導制度、黨內民主制度、紀律監督制度、權力制衡制度等各項制度，通過科學嚴格的制度規范，保證各項工作有章可循、有規可依而不因黨內任何個人的注意力和意志的轉移而改變，充分調動各級黨組織的積極性、主動性和創造性，保障黨員的主體地位和發揮黨員的主體作用。同時，還要按照更高標準、更為嚴格的要求來建設黨內制度，使黨內制度比國家法制更為嚴格、具有更高程度上的先進性，發揮黨內制度對國家法制建設的帶動作用以及黨員干部對全社會遵紀守法的帶頭示范作用；要增強黨的制度與國家制度之間的耦合度，使黨內制度與國家法制在基本精神上保持高度一致，著力以制度的形式理順黨政關系、優化黨際關系，推動黨的領導法制化、黨政關系制度化、黨內關系規范化、黨際關系民主化。

三是建立科學方法。毛澤東曾經指出：“我們不但要提出任務，而且還要解決完成任務的方法問題。我們的任務是過河，但是沒有橋或沒有船就不能過。不解決橋或船的問題，過河就是一句空話。不解決方法問題，任務也只是瞎說一頓?！保?］（P139）同樣，提高黨的建設科學化水平，不僅僅是規律、理論、制度層面的問題，還是迫切需要科學方法加以具體研究和有效執行的問題。馬克思主義認為，作為特定思想原則的世界觀在具體的認識和實踐活動中就表現為方法，方法論就是有關這些方法的理論。在不同層次上，又可以分為具體學科方法論、一般科學方法論、哲學方法論。就黨的建設而言，黨建作為一門科學，必須有科學的研究方法；作為一種實踐活動，還必須有科學的工作方法。而哲學方法則是科學研究方法和工作方法的基礎。在我們黨的建設過程中，黨建研究方法、黨建工作方法和馬克思主義哲學方法是一個有機的統一體，它們之間是相互聯系、相互影響的。其中，馬克思主義哲學方法是開展黨建研究和黨建工作的基本方法，直接影響到黨建研究水平和工作實效；黨建研究方法會影響到對黨建問題的認識，特別是對黨建理論的建構和黨建工作實踐經驗的提煉，進而也必然會影響到黨的建設的各項具體工作。黨建工作方法會影響到黨的建設的具體成效，也會影響到黨建理論的提升和發展。從提高黨的建設科學化水平來說，其集中體現在黨建研究的水平和黨建工作的水平兩個方面。因此，黨的建設科學方法主要涵蓋著黨建研究科學方法和黨建工作科學方法兩個方面的內容。