10月27日，作為“鄧小平理論與實踐系列討論會”的第一個活動--“鄧小平理論與實踐學術研討會”在上海社會科學院召開。會上，上海社會科學院成立了“鄧小平理論研究中心”。院領導決定由“毛澤東思想研究中心”承擔起“鄧小平理論研究中心”的任務，即兩個中心一套班子，李君如擔任主任。

鄧小平理論研究中心成立后，以“鄧小平理論與實踐系列討論會”為平臺，組織了一系列報告會和理論研討會，研究和宣傳工作進行得有聲有色，影響越來越大。

1993年春節期間，中央領導同志到上海視察時，接見李君如并就如何落實十四大提出的用鄧小平建設有中國特色社會主義理論武裝全黨的問題征求他的意見。同時，希望他去中宣部工作。

1993年3月18日，李君如被調到中宣部，擔任理論局副局長。

1997年8月12日，中共十五大召開前夕，時任中共中央宣傳部理論局副局長的李君如在《中國經濟時報》發表了題為《第三次思想解放：沖破姓“公”姓“私”的思想疑惑》一文，文章首次提出的“第三次思想解放”的觀點，引起了人們的強烈關注。

1998年11月李君如調任中共中央黨史研究室副主任。2000年 5月，李君如調任中共中央黨校副校長。在這個中國共產黨的最高學府，李君如的理論研究進入了一個黃金期。從2000年到2009年的10年間，他與中央高層頻繁接觸，直接聆聽教誨，對馬列主義、毛澤東思想、鄧小平理論、“三個代表”重要思想、科學發展觀重大戰略思想進行了深入系統的研究，發表了一系列有重大影響的理論文章，出版了一系列有重大影響的專著。

與時代同步，與理論同行。改革開放的30年，是中國特色社會主義理論體系形成的30年。自上個世紀80年代初開始進入上海社會科學院從事理論研究工作至今，李君如已經在黨的理論戰線上辛勤耕耘了近30個春秋。學術立身，著作等身，理論行世。30年間，李君如以“貼著中國社會的現實，展開理論思維的翅膀”的治學作風，獲得了理論上的大豐收。其著作《觀念更新論》、《毛澤東與近代中國》、《毛澤東與當代中國》、《毛澤東與毛澤東后的當代中國》等諸多學術著作，得到社會上和海外高度關注和重視。

李君如最信奉的格言是：山水同樂，又仁又智；學思相兼，不罔不殆。他正是這樣一個仁者、智者、學者，一個與時俱進的理論家和思想者。