《國務院關于支持福建省加快建設海峽西岸經濟區的若干意見》指出，整合港灣資源，形成以廈門港、福州港為主，布局合理的東南沿海地區港口發展格局，為海峽西岸福建港口整合指明了方向。去年11月，省委、省政府作出重大決策，擬整合省內原有港口機構，形成海峽西岸北部以福州港為主體、中部以湄洲灣港為主體、南部以廈門港為主體的跨行政區劃的三大港口。本文通過對閩臺兩地港口體制進行比較分析，借鑒取益，為福建港口體制整合提供參考。

臺灣島四面環海，港口資源豐富，進出口貨物99%均通過海運完成，港口成為臺灣對外經貿合作的最重要的門戶。臺灣的港口有所謂國際商港、國內商港、漁港、工業專用港等，其國際商港管理體制為交通主管部門直屬，承擔港口行政、港口生產、運營以及交通主管部門委托行使的航政監理等業務。在港口管理體制設置方面，臺灣主要按照北部、中部、南部、東部設置直接隸屬交通主管部門的四大港務局，對全島港口進行管理，即北部的基隆港、中部的臺中港、南部的高雄港、東部的花蓮港，其他一些港口作為輔助港均歸口四個港務局管轄。在港口定位方面，四大港均為“國際商港”。在港區設置方面，四大港均以集中港區為主并另設自由貿易港區，附帶一些附屬港區。另外，在云林縣的麥寮設置由民營企業管理的工業專用港，航政管理等業務受臺中港務局管理。在離島金門、馬祖設置港務處。臺灣交通主管部門在“未來四年施政重點”中提出：“各國際港經營強化與轉型：進行港際合作與港群整合，結合臨港工商業，深化港口群分工 。”顯然，港口之間的合作與整合是臺灣交通建設的一項重要議題。

近年來，福建加快港口體制改革步伐。2007年12月《福建省港口條例》頒布，明確了港口行政管理機構僅在設區市一級以上設置，歸并了個別沿海縣（東山縣）一級政府設置的港口行政管理機構。2006年1月、2009年8月，分別實施廈門灣內、湄洲灣內的跨行政區劃的港口管理體制改革。截至2009年底，福建設有跨廈門、漳州兩市，管轄廈門灣內8個港區的廈門港口局，由省政府委托廈門市政府管理；設有跨泉州、莆田兩市，管轄湄洲灣內4個港區的湄洲灣港口局，由省政府授權省交通運輸廳管理；設有福州市港口局、寧德港務局、莆田市港口局、泉州市港口局、漳州市港口局，分別由福州市、寧德市、莆田市、泉州市、漳州市管理。在港口定位方面，除福州港、廈門港為全國主要港口外，其他均為地區性重要港口。在港區設置方面，除廈門港8個港區集中在廈門灣內、湄洲灣港4個港區集中在湄洲灣內外，其他港的港區均比較分散，有的相距在100公里以上。這樣，在三大港口整合前，福建共有7個港口管理機構。在海港開發口岸設置方面，現設置了對外籍船舶開放的海港一類口岸8個，對內地和港澳從事國際貿易運輸船舶開放的海港二類口岸23個。目前，僅廈門港設置保稅港區，福州港設置保稅物流園區。