非公有制經濟產業結構也依然存在著層次不高等問題，突出表現為傳統制造業和第三產業比重高，現代服務業、金融保險業、壟斷行業比重低；流通服務型企業多，生產型企業少。多數非公有制企業仍處在以資源開發和勞動密集型為主的產業鏈下端，比如內蒙古70%以上的非公有制企業不具備自主研發能力，80%沒有設立研發機構，這在相當程度上影響了非公有制企業核心競爭力的提高

進入新世紀以來，我國非公有制經濟取得長足發展，成為推動國民經濟持續穩定發展的一支重要力量。在科學發展觀指導下，非公有制經濟不斷進行產業結構調整，使之逐步優化升級。以內蒙古為例，在全區私營企業中增長最快的是金融業，同比增長72.27%，其次是農林牧漁業，同比增長36.61%。外商投資企業主要分布在第三產業，占外商投資企業總數的81.19%。外商投資企業以從事信息傳輸、計算機服務和軟件制造業居多，占外商投資企業總數的55.86%。個體工商業主要分布在批發和零售業、居民和服務業、住宿和餐飲業、交通運輸和倉儲業、郵政業等領域。私營企業主要分布在批發和零售業、制造業、租賃和商務服務業等領域。

但是，與此同時，非公有制經濟產業結構也依然存在著層次不高等問題，突出表現為傳統制造業和第三產業比重高，現代服務業、金融保險業、壟斷行業比重低；流通服務型企業多，生產型企業少。多數非公有制企業仍處在以資源開發和勞動密集型為主的產業鏈下端，比如內蒙古70%以上的非公有制企業不具備自主研發能力，80%沒有設立研發機構，這在相當程度上影響了非公有制企業核心競爭力的提高。

造成非公有制經濟產業結構層次不高的主要原因有：一是由于中小企業居多，經濟實力較弱，加之金融機構貸款門檻較高，所以很難進入資本市場融資，主要靠自我積累、民間借貸和小額貸款，融資成本較高。比如2009年底，內蒙古全區小企業新增貸款236.1億元，占全部企業新增貸款的18.2%。目前，鄂爾多斯市民間借貸資金總量達300億-500億元，絕大多數中小企業依賴民間借貸，僅有1/3來自金融機構貸款。“融資難”成為約束產業結構優化提升的瓶頸之一。二是針對非公有制企業的政策性、體制性限制因素仍然較多。比如在鐵路、城市供水、供熱、供氣等行業，壟斷經營仍普遍存在，還沒有形成平等的市場競爭環境，影響著非公有制經濟的產業結構調整。三是多數非公有制企業實行傳統家庭式管理，實現現代企業制度的為數不多，治理結構不完善，影響了產業結構調整。