第三，加強黨的制度建設，必須以科學的理論為指導，以黨內民主為價值取向，保證各項制度的科學性和有效性。

黨90年來的歷史反復證明，加強黨的制度建設，離不開科學的理論為指導，科學的理論能指導制度建設朝著正確的方向發展，錯誤的理論將導致制度建設誤入歧途。因而，在加強黨的制度建設中，必須把堅持馬克思主義基本原理與馬克思主義中國化緊密結合起來，不斷推進黨的理論創新，用以更好地指導黨的制度建設，更好地規范全黨的行動。

自建黨以來，黨的制度建設一直處于不斷的發展與完善中。過去革命戰爭年代，黨的制度建設是以高度集中為價值取向的，因而很多制度突出地強調組織本位與高度集中；全國執政以后，在計劃經濟條件下，加之外部勢力對新中國的圍堵封鎖，黨面臨著鞏固政權的繁重任務，基本沿襲了戰爭年代的制度，長時期未能推進黨內民主及制度創新。制度變遷是個緩慢的進程，隨著改革開放的深入和社會主義市場經濟的發展，黨員的主體意識、民主意識、參與意識不斷增強，黨中央對黨內民主的認識不斷深化，從“沒有民主就沒有社會主義”到“黨內民主是黨的生命”，因而，按照新時期黨的先進性的總要求，把黨的領導體制、工作機制、具體制度放到時代與實踐發展要求的層面加以審視，以黨內民主為價值取向，以尊重黨員主體地位為本位，革故鼎新、興利除弊，不斷完善黨的制度、機制與領導體制，有利于新時期新階段全黨更好地集中統一。基于此，按照正確的價值取向，不斷擴大制度建設中的民主參與，與時俱進地發展黨內民主制度，才能真正使各項制度更好地規范黨員行動并逐步內化為全體黨員的自覺行動，以有利于全黨更好地集中統一，這是加強黨的制度建設不可忽略的一條重要經驗。

第四，加強黨的制度建設，必須具有整體觀念，使黨的制度體系成為一個有效的系統，充分發揮制度的整體績效。

90年來黨的制度建設的實踐表明，單項制度，可以發揮某一方面的效用；而綜合制度方能發揮整體效用。因而加強黨的制度建設，需立足于系統論的角度。黨的制度以黨章為根本依據，構成了一個制度群，內容相當廣泛，涉及黨的活動的方方面面。從內容來說，主要有黨的領導制度、黨的組織制度和黨內生活制度等，具體又可分為：黨對國家政權機關和其他非黨組織的領導制度，黨的集體領導制度，黨的民主集中制及黨的組織制度，干部制度，黨內監督制度，黨內生活制度，黨內統計制度等等。從類別來分，黨的制度主要分為實體性制度和程序性制度。實體性制度一般規定“是什么”的問題；程序性制度一般規定“如何做”的問題。二者相輔相成，缺一不可。從整體上看，黨的制度本身就是一個有機整體，其中每一類制度以至于每一項制度都是這個有機整體的一部分，各項制度往往互相制約、互相促進，如果一項制度沒有相應的配套制度，這項制度就不可能有效地貫徹執行。所以，在加強制度建設過程中，必須注意制度的系統性。加強黨內各具體制度之間在時空與內容上的協調，在新老制度交替時要搞好內容、范圍與效力上的銜接，同時，各制度條文在內涵上要協調統一，不能互相矛盾。

加強黨的制度建設，必須突出黨章的統領地位，系統構建黨的制度體系，不能僅停留在面上，不能僅強調實體性制度，更要有嚴格的程序和實施保障的嚴密措施，使制度本身形成一個完整的系統，以此強化制度的強制力、約束力、執行力。因而，從系統論的角度加強黨的制度建設，促使黨的制度體系成為有機整體，立體式、全方位鞏固黨的建設，惟其如此，才能充分發揮制度的整體績效。

第五，加強黨的制度建設，必須堅持以人為本，并以制度為準繩規范人的行為，嚴肅責任追究，在制度治黨、制度管人中樹立制度權威。

回顧黨90年的奮斗歷程，加強黨的制度建設，必須堅持以人為本，在制度建設中重視人的作用。從本質上講，制度是人類實踐活動的產物，是人們在政黨實踐和政黨處理社會諸種關系中逐步產生出來的。制度具有滯后性，人是最活躍的因素，要重視人的作用，人始終是制度的能動主體，人在遵守制度的同時又以自身的實踐創新著制度。因而，加強黨的制度建設，人與制度必須有機結合，切實維護正式制度，與潛規則作堅決的斗爭。“保持黨員隊伍的先進性，關鍵在于完善制度和機制，把黨的先進性要求轉化為黨員自覺遵守的行為準則。”

加強黨的制度建設的目的，是以制度為準繩規范全體黨員的行為，使全黨能達到集中統一。而要達到這個目的，必須嚴格執行黨的制度，嚴格區分責任，嚴肅責任追究，否則制度就可能成為一紙空文，因而，權威性是保證制度有效落實的關鍵所在。樹立制度權威，要大力改進領導體制，對一些不盡合理、完善的黨的制度，在黨的創新理論指導下，以改革創新的精神不斷加以推進；要逐步完善各項制度，切實做到責權利相統一，增強可行性，最大限度地發揮制度績效。此外，還要不斷完善黨的制度的運行、監督、懲戒機制，保證黨的各項制度具備應有的效力。“最重要的是要堅持和完善能夠保證黨的領導堅強有力和社會主義興旺發達的一整套制度，并運用法律、法規、政策、紀律、教育等手段來保障這套制度能夠得到嚴格遵守。”同時，必須建立一套具體明確、便于執行操作的懲處法規，明確違規違制行為懲戒措施，確保制度具有足夠的約束力、威懾力。“強有力的實施機制將使違法成本極高，從而使任何違約行為都變得不劃算，即違約成本大于違約收益。”惟其如此，才能使制度權威真正樹立起來。