調查報告雖然寫好，但主持此次調查的“監察委員”吳豐山直言：“即使到現在，我還是不知道‘三·一九’槍擊案是真的還是假的”。

吳豐山雖然被視為“親綠”，但民進黨、國民黨都任命他為公共電視臺董事長，陳水扁、馬英九也都提名他任“監察委員”。他稱主持此次調查政治立場超然，目的也不是給出真、假的結論，而是綜合了起訴書、“真調會”的資料等，檢查臺南地檢署辦案有無過失。結論可能還是無法讓各方滿意，但他已經盡力做到公正客觀、盡量深入，希望能對“三·一九”槍擊案繼續偵辦有所貢獻。

島內輿論指出，雖然陳水扁已下臺，但“三·一九”槍擊案攸關社會正義是非，一定要查個水落石出。知名政治評論員陳文茜12日撰文指出：筆者關心的是如果臺灣再有類似“三·一九事件”，事情會不會不一樣？坦白說，筆者的答案很悲觀。這個事件表明不只是陳水扁太壞，而是臺灣膜拜權勢的人太多。辦案的不求公正，媒體報道者不求真相；如果不是今日扁已倒臺，很難相信“三·一九”會有真相。

文章說，雖然歷史回顧起來如此令人氣餒，但冥冥之中也有公正性。“三·一九事件”中的焦點人物，陳水扁坐牢，“微笑”邱義仁落魄種田，黃芳彥逃亡美國。人生或有不平，但老天還是長眼。