其實，最有可能的一個原因，就是在“扁案”爆發后，精于政治算計的“新潮流雙仁”，早已經預估到“扁案”將會是導致民進黨由盛轉衰、屢選屢敗的重要因素，即使再有權謀也難以挽回，因而“知難而退”，避免砸壞“戰略之神”的招牌。因而即使是雖有參與輔選，但并不愿掛將印總綰。

另外，在二零零八年“總統”選戰中，“新系”與此前曾參與籌劃及實施“圍剿十一寇”的謝長廷有仇，再加上謝長廷本人堅持其競選總部要以“謝系”子弟兵為主，對“新系”有所顧忌，雖然在競選后期有表示歡迎“新系”的戰將邱義仁、吳乃仁等人參與其競選總部運作，但兩者實質上都是虛以委蛇，邱義仁、吳乃仁并無參與核心實質操作。謝長廷敗選的原因固然很多，但其排斥“新潮流雙仁”不能說不是其中的一個主要原因。實際上，如果是由“新潮流雙仁”來操盤的話，謝長廷在大勢所趨之下必然會輸，但也不會輸得那么慘。

被視為“選戰菜烏”的蔡英文面對這場“三合一”選舉，有點慌神。憑著自己與“新系”的密切關系，希望能請出“新潮流雙仁”為自己操盤。然而，邱義仁因身涉“國務機要費案”而遭羈押及判刑，就只好找吳乃仁。吳乃仁不忍民進黨就此而沒落，臨危受命，于今年四月回鍋民進黨出任秘書長，除協助蔡英文處理日常黨務外，還統領“三合一”選戰。

盡管今年九月四日他因涉嫌在臺灣證交所董事長任內，協助也是“新潮流系”的前“內政部政務次長”顏邁進不實核銷個人餐飲費，詐領證交所交際費，而遭臺北地檢署依“詐欺罪”起訴，但仍專心操盤。他力排黨內眾議，堅持在選戰過程中不提任何與“扁案”有關的事情，連確是有一定合理成份的陳水扁“司法人權”也一字不提，柔情式與陳水扁做出切割，果然使民進黨從“扁案”的陰影中走了出來。