其二，智庫在研究層面鼓吹“臺獨”理念。綠營智庫鼓噪“臺獨”言論，攻擊馬當局“親中賣臺”、“犧牲臺灣‘主權’”，并極力攻擊馬英九的兩岸開放政策，破壞兩岸關系和平發展。

其三，大部分綠營智庫接受泛綠財團資助。“臺灣智庫”接受仁寶集團、日盛集團等資助，“臺灣管理學會”背后則有富邦產險、臺新銀行等泛綠企業力挺。

成員分布廣泛是綠營智庫的另一個重要特征。除了具有島內當局、政黨背景的“黨政型智庫”，綠營智庫在島內各社會階層皆有布局。以“臺灣社”為代表的“運動型智庫”，其成員以醫生、律師、企業白領等中產階級為主，“彭明敏文教基金會”、“臺灣教授學會”等則由學者組成，代表島內部分教育界的聲音。另外，如玉山媒體集團、“臺灣維新基金會”等占據傳媒陣地。

綠營智庫急劇膨脹原因

綠營智庫急劇膨脹與民進黨掌握“執政”資源、藍綠對抗升級等因素密不可分。

首先，民進黨掌握“執政”資源，為綠營智庫急劇膨脹提供了豐厚的土壤。民進黨內各派系“天王”借執政之機擴充勢力，游錫堃的“臺灣管理學會”、呂秀蓮的“臺灣GO GO GO辦公室”等紛紛成立。另一方面，民進黨為“穩定執政”、“長期執政”，大舉擴張智庫，培植人才，提供政策建言。2003年成立的“凱達格蘭學校”曾被視為民進黨“黨校”，諸多學員均擔任要職。“臺灣經濟研究院”為民進黨當局輸送了不少財經人才，前院長吳榮義曾出任“行政院副院長”。