其次，綠營智庫的政策建言一定程度上干擾了馬當局的施政效率。為求2012年“大選”獲勝，綠營智庫充當民進黨杯葛馬當局施政的“幕后推手”，甚至是“馬前卒”，一方面發動街頭抗議運動，另一方面借助綠營媒體，主導“打馬”議題。“臺灣管理學會”曾發文抵制馬英九提出的“三都十五縣”行政區劃方案。在日前的“美牛事件”中，“臺灣維新基金會”等綠營智庫夸大進口美國牛肉的危害，引發民眾恐慌，給馬當局施政增添了不少麻煩。

再次，綠營智庫的“臺獨”鼓噪，給兩岸關系和平發展制造了一些障礙。綠營智庫的研究報告夸大兩岸經濟架構協議(ECFA)對島內經濟的沖擊，歪曲ECFA是“統戰協議”，引起不少島內民眾的誤解。同時，其歪曲宣傳還大大增加了兩岸達成和平協議的難度。

島內“二次政黨輪替”后，民進黨喪失“執政”資源，加之內斗加劇，不少綠營智庫影響趨于武微。在臺當局擔任要職的綠營智庫學者亦隨著陳水扁下臺被撤換，部分智庫的影響力隨之減弱。同時，綠營智庫受民進黨派系操控，而派系斗爭的加劇大大削弱了智庫的影響力。