參與第一線談判的官員認為，這項美國牛肉修法一定會影響臺美關系。美國處心積慮想把帶骨牛肉、絞肉、內臟銷到臺灣，以后還想出口到市場更大的中國大陸及日本，臺灣是第一步就被擋下，美國必定會有報復行動。何況臺灣不但違反“臺美牛肉議定書”，也違反了WTO慣例，現在得尋求美方諒解，雙方重啟談判。美方肯定十分惱火，重新談判有困難。此事會嚴重傷害臺美間的TIFA談判，傷害臺美互信，未來軍購是否出現變量、高層對話是否中止，都有可能。

馬團隊低估了臺灣內部反抗美國牛肉進口的力量，徑自和美方簽訂“臺美牛肉議定書”，然后又無法得到“立院”的背書，即便能與美國重新談判，頭上插著個言而無信的標簽，先自矮了半截。

怎么克服？臺灣數十年來以小事大，處處看美國老大哥的臉色。社會上正熱烈討論美國牛肉進口事件時，美國AIT主管頤指氣使，發表意見，說吃美國牛肉的瘋牛癥幾率比在臺灣騎摩托車出意外低多了，引起社會上的反感。

很多人認為臺美關系很重要，論者多以軍購為主要理由。美方不賣武器給臺灣，就影響到臺灣的安全。另有一說，橫豎美國也沒安好心，賣些過期的軍火，售價又出奇的昂貴，吃定臺灣。當冤大頭60年了，還要這么干下去？協商談判應該互相體諒，只顧自己的利益就談不下去。自美國牛肉發現瘋牛癥以來，臺灣的進口牛肉來自澳大利亞、新西蘭，吃得很開心，大家忘了美國牛肉。準許部分美國牛肉進口，是朋友間的善意幫助，不領情也就罷了，還頤指氣使欺負人，的確有些過分。