另外，在車船稅的定性和功能預設問題上，還有一個方面的內容不容忽視，即如何把它放到我國整體稅制改革的大環境中進行設計，做到科學合理，既應征盡征又不重復征收。比如，就車船征稅，我國目前已有購置稅、燃油稅，現在又有了車船稅，今后或許很快會出臺環境稅。我們沒有忘記，在論證燃油稅時，職能部門也以節能減排、減少污染為主要理由，而現在論證車船稅時又拿出了同樣的理由，試想將來論證環境稅時再拿出什么樣的理由呢？如果三稅都對車船排污征稅，是否涉嫌重復征稅呢？而要避免重復征稅嫌疑，在出臺環境稅時是否應相應減少燃油稅和車船稅呢？

健全完善的稅收法律制度，應以科學合理的稅收種類及與國民承受能力相適應的稅收負擔為基礎，而稅收種類的科學合理則要求準確定位各稅種的性質和功能，整體設計，系統改革，切實做到不漏征不重征。