2006年5月23日，李肇星外長在多哈出席亞洲合作對話第五次外長會議期間會見日本外相麻生太郎。

2006年7月4日，胡錦濤主席會見來訪的日本民主黨黨首小澤一郎。

2006年7月8日至9日，中日第六輪東海磋商在北京舉行。

2006年7月27日，李肇星外長出席馬來西亞首都吉隆坡東盟地區論壇外長會議期間與麻生外相再次舉行會晤。

2006年8月15日，日本首相小泉純一郎無視國際社會、亞洲鄰國和日本人民的關切和反對，公然參拜靖國神社。中方提出嚴正交涉。

2006年10月2日，日本新任首相安倍晉三在國會眾議院回答有關歷史問題的質詢時引用“村山談話”說，日本的殖民統治和侵略給許多國家，特別是亞洲各國人民造成了巨大的損害和痛苦。

2006年10月8日至9日，安倍晉三就任日本首相后首次訪問中國。中日領導人對改善和加強兩國關系的重要性達成了新的共識。另外中日雙方再次確認了堅持中日之間三個政治文件精神，維護中日關系政治基礎的重要性。安倍訪華被稱為“破冰之旅”，標志著中日關系打開政治僵局。

2007年4月11日至13日，中國國務院總理溫家寶對日本進行正式訪問。中日雙方就努力構筑“基于共同戰略利益的互惠關系”達成一致，并發表了聯合新聞公報。溫家寶總理的“融冰之旅”實現了兩國領導人互訪，使中日關系有了新的良好開端，增強了人們對中日關系未來的信心。