另外一個重要的問題就是像抗蟲一旦大面積運用之后，會不會害蟲自己就可以抵抗害蟲基因，這些品種就不能繼續運用了，這是國際上公認的轉基因作物很重要的一個問題。澳大利亞的研究發現可以用兩種途徑。一個是殺蟲的劑量越高越好，第二個就是轉基因和非轉基因的棉花混合種植。美國是8：2，就是十份棉花當中，8份轉基因的棉花，2份非轉基因的棉花，澳大利亞是7：3。我們中國是小農戶，所以這個在中國行不通，而我們的實驗研究，三十多代之后，這個棉鈴蟲就會產生高大兩百多倍的抗性，八九十年代的時候幾乎抗蟲棉就沒有效了，這是在室內實驗。那在中國七到十年抗蟲棉就不能用了，事實是否如此呢，針對這種假設，一方面進行檢測，一方面進行治理。

主要的措施有三個。第一個是系統研究了棉鈴蟲為什么對這種抗蟲基因會產生抗性，它的分子研究表明了兩個基因的突變，這樣兩個基因的突變讓棉鈴蟲可以抵抗抗蟲基因。第二個就是除了研發這要保證之外，還要農業部委托第三方檢測機構，對抗蟲效率和抗蟲基因的表達水平，確保品種的高質量和高抗性。第三個就是針對我們國家小農戶。但是每家每戶或者左鄰右舍都種植了之后，抗蟲基因只是在棉花上有，其它作物上沒有，所以棉鈴蟲可以在其它的作物上危害，這就保存了大量的棉鈴蟲還是被抗蟲基因殺死。所以從1997年到現在，在田間進行系統檢測的結果，棉鈴蟲在我們國家至今還是對抗蟲棉敏感的，沒有產生抗性，與此相反，剛才提出產生巨大效應的印度，2003年開始大面積種植，2009年就在田間發生了害性，僅僅七年。第一個它是單一種植棉花，這個在印度也規定種植轉基因抗蟲棉要種植非轉基因的材料，保持棉鈴蟲始終是敏感的，他們所采用的方法是在轉基因抗蟲棉種植的同時，也供給一小袋非轉基因的棉花種子，而印度農民卻沒有把非轉基因的棉花種子種到稻田里頭，結果使得棉鈴蟲產生抗性。另外一個我們國家在轉基因作物的研發以及相應的研究上，取得重要進展的是轉基因的抗蟲水稻。

我們國家的抗蟲水稻和抗蟲棉花幾乎在1997年就開始研究了，但是由于棉花不考慮進口的問題，就是我們不直接吃，所以棉花的安全性大家比較放心一點。不進口的先去適用，而我們要吃的轉基因食品就要進一步地仔細觀察和系統地進行科學的評價，至今還沒有轉基因水稻批準大面積生產種植應用，但是我們的小規模的直到室內和室外的科學研究，一直沒有停，而且取得了重要的進展。在轉基因水稻能否在科學基因種植的時候，一個是對科學環境安全不安全，國內外最關注的就是兩個問題。第一個我們國家是水稻這種物種的起源中心，一旦種植轉基因水稻之后，對于這種珍惜的資源的保護和利用是否會造成影響。第二個就是跟抗蟲棉一樣，會不會導致次要的害蟲上升為主要的害蟲呢，對生態適用性造成影響。