福建醫科大學創建于1937年，其前身是福建省立醫學專科學校。1939年改名為福建省立醫學院。1949年改稱福建醫學院。1969年，與福建中醫學院、華僑大學醫療系合并，成立福建醫科大學。1982年更名為福建醫學院。1996年4月改為現名。
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