據(jù)臺(tái)軍方內(nèi)部表示，馬對(duì)兩岸關(guān)系的和緩深具信心，但建軍不松懈，并偏重于陸軍的“決戰(zhàn)本島”，和建立第二擊報(bào)復(fù)武力為主，軍方未來的部署也將重北輕南，北部是臺(tái)灣政軍經(jīng)的頭腦，“愛國(guó)者反導(dǎo)彈系統(tǒng)”、陸海空重心都將以保衛(wèi)臺(tái)北為第一任務(wù)；對(duì)應(yīng)于中國(guó)大陸導(dǎo)彈精準(zhǔn)度提升，兩岸一旦開戰(zhàn)，北、中、南軍團(tuán)根本無法相互支持，各軍團(tuán)獨(dú)立作戰(zhàn)勢(shì)在必行，而北臺(tái)灣自然會(huì)成為最重要的戰(zhàn)力部署。

軍方內(nèi)部認(rèn)為，馬的戰(zhàn)略布局較扁和李登輝時(shí)代“決戰(zhàn)境外”的思考更為務(wù)實(shí)，不至于因大陸崛起，而陷入武器競(jìng)賽的泥淖，而拖垮臺(tái)灣經(jīng)濟(jì)。

因此，臺(tái)灣的巡航導(dǎo)彈、中程彈導(dǎo)導(dǎo)彈及遠(yuǎn)程多管火箭的研制與量產(chǎn)將是馬英九第一任內(nèi)的主要國(guó)防突破，從第二擊報(bào)復(fù)力量中，增加臺(tái)灣不對(duì)稱戰(zhàn)力的籌碼，對(duì)美的軍事采購(gòu)也將側(cè)重反彈導(dǎo)的愛國(guó)者飛彈及爭(zhēng)取德國(guó)潛艦為主。

北京方面，也意識(shí)到臺(tái)北短期內(nèi)即將擁有反擊的武力，因此公布反彈導(dǎo)系統(tǒng)的成功測(cè)試，除軍事力量的宣示外，最重要還是對(duì)臺(tái)的政治喊話。