在施工方案問題上遇到的首要問題是埋設(shè)深度問題。從地質(zhì)考察分析來看，在北京修建地下鐵道是有一定難度的，主要是松散的土層很厚，并且越往東越厚。如果從戰(zhàn)備的角度來考慮，地鐵采取深埋在西郊比較適宜。第一方案復(fù)興門到公主墳段可以埋到30—40米深；第二方案西直門到頤和園段可以埋到60—80米深；在天安門到東單段則需要埋到110—120米深，再往東還需要埋得更深，且修建時(shí)間長(zhǎng)、施工問題復(fù)雜、投資大。如果采用淺埋的方法（即離地面2—5米深），則只能解決交通問題，不能解決防空問題；如果采用淺埋加固結(jié)構(gòu)使隧道具有較大的防護(hù)能力，必然會(huì)加大投資，且這種防護(hù)能力也是有限的。

按照深埋或者基本深埋的方案，北京市上報(bào)中央的方案是大約設(shè)計(jì)工作要用3年，施工要用7年；同時(shí)，還要派專家到蘇聯(lián)學(xué)習(xí)。這些人力、物力的投入，對(duì)于剛剛成立不到10年的新中國(guó)來說是相當(dāng)困難的。針對(duì)以上問題，北京市委建議，“如果不考慮戰(zhàn)備上的需要，只從城市交通的需要出發(fā)，那么，在十幾年內(nèi)北京的城市交通主要應(yīng)當(dāng)從改善地面交通著手（這比修建地下鐵道省錢得多），在第四個(gè)五年計(jì)劃內(nèi)不需要，同時(shí)國(guó)家的財(cái)力物力也不可能修建地下鐵道”。1957年9月23日，中央作出批示：“關(guān)于北京地下鐵道建設(shè)問題所提出的兩個(gè)方案的報(bào)告閱悉，可先采取第一方案，并同意明年派人去蘇考察，對(duì)于現(xiàn)有組織機(jī)構(gòu)，技術(shù)干部應(yīng)壓縮一下，技術(shù)干部留少一點(diǎn)，明年出國(guó)考察人員亦不要過多。同時(shí)應(yīng)繼續(xù)將地質(zhì)情況勘察清楚。待各方面情況弄清后再定。”

1958年，中共中央指示，要盡速修建北京地下鐵道，并定鐵道部負(fù)責(zé)組織設(shè)計(jì)和施工。10月30日，中共北京市委就《關(guān)于北京地下鐵道一期工程線路埋設(shè)方案》進(jìn)行討論并作出決議：“地下鐵道應(yīng)迅速籌備修建，爭(zhēng)取盡快開工，全部采用深埋方案。”11月27日，鐵道部地下鐵道工程局成立，受鐵道部和北京市委雙重領(lǐng)導(dǎo)，同時(shí)撤銷北京地下鐵道籌建處。12月31日，北京地下鐵道工程局局長(zhǎng)會(huì)議傳達(dá)了周總理的指示：“地下鐵道要修，可先試點(diǎn)，取得經(jīng)驗(yàn)。”至此，新中國(guó)地鐵建設(shè)邁出了關(guān)鍵性的一步。